١- قسم الحفظ والمعالجة : ينقسم إلي ثلاث شعب هي :
١- شعبة الترميم والمعالجات الكيميائية والتعقيم والتجليد الاسلامي.
٢- شعبة الاستنساخ والتصوير.
٣- شعبة الحفظ.
٢- قسم البحث والتصنيف :
يختص القسم بفهرسة مخطوطات الادارة (الأصلية والمصورة ) فهرسة آلية من خلال بطاقة فهرسة تتيح عدد من الحقول الرئيسية والفرعية التي تصف المخطوط وصفا دقيقا لتسهيل وصول المستفيدين اليها في اقل وقت و جهد.